在基因组学与单细胞技术飞速发展的当下,长片段基因组的精准剪切与片段化处理已成为制约测序数据完整性与分析精度的关键瓶颈。传统机械剪切、酶切或超声破碎技术因热效应、机械损伤、剪切不均一性等问题,导致DNA片段长度分布离散、末端损伤严重,影响单细胞测序的文库构建质量与数据可靠性。近日,上海净信推出的高通量超声波基因组剪切仪,凭借其非接触式声波聚焦技术与多维参数调控系统,成功破解了长片段基因组剪切难题,为单细胞测序、全基因组测序及复杂样本研究提供了革命性解决方案。
高通量声波基因组剪切仪的核心创新在于其磁致伸缩共振超声技术与智能调控系统,主要是通过非接触式声波聚焦技术、等温处理环境、多维参数调控系统和其动态反馈系统等技术特点实现长片段基因组的精准剪切,实现了剪切技术的突破,多维参数精准调控,实现了无损、均一、高效的剪切。
高通量声波基因组剪切仪的技术特点:
1. 非接触式声波聚焦技术:实验设备的超声波通过液体介质传递,可形成高能量密度的剪切场,避免了探头磨损、交叉污染及感染性飞雾风险。在声波的作用下,样本溶液中产生微小气泡,气泡瞬间坍缩时释放的冲击波与微射流对DNA分子施加剪切力,实现片段化。该过程无机械摩擦,减少DNA末端损伤,保护生物标志物完整性。
2. 等温处理环境:声波基因组剪切仪内置高精度半导体制冷模块,配合循环水浴设计,可确保样本在剪切过程中始终处于4℃低温环境。实验表明,低温处理可抑制DNA变性、酶活性降低及RNA降解,保护样本活性,尤其适用于cfDNA、ctDNA等微量样本。
3. 多维参数调控系统:实验设备具有功率梯度调节、时间精准控制和脉冲模式可选,可灵活适配不同样本类型。实验用户可根据样本浓度、粘度及目标片段长度,在范围内调节超声功率和仪器运行时间,可满足不同实验需求。实验设备提供连续波与脉冲波两种模式,在脉冲模式下,用户可设置占空比与脉冲频率,能够进一步减少热积累与机械损伤。
4. 动态反馈系统:声波基因组剪切仪内置压电传感器实时监测声波能量输出,确保功率稳定性;同时,还可选配荧光检测模块,通过与样本中的荧光染料结合,实时监测DNA片段长度分布,实时优化剪切效果。
高通量超声波基因组剪切仪的实验应用场景:
1. 单细胞测序:声波基因组剪切仪的实验可有效提升数据完整性与细胞捕获率。在微量样本的高效处理中,它可同时处理多个组织样本,且适配微流控芯片与单细胞捕获系统。根据实验数据显示,剪切后DNA片段长度CV值<5%,那个有效提高文库构建效率与测序读长一致性。
2. 全基因组测序:实验设备能够有效优化长片段组装与注释。通过调节功率与时间,可实现100bp-5kb范围内的片段化,满足实验的长读长测序需求;针对高GC含量、重复序列多的基因组,可通过脉冲模式与低功率处理,减少剪切偏好性,提升组装完整性。
3. 临床伴随诊断:声波基因组剪切仪的应用能够提高cfDNA检测灵敏度。非接触式处理与等温环境减少cfDNA损失,确保稀有突变(如ctDNA)的检出,使其突变检出率得到提高,同时还可保障结果的一致性。
此外,在声波基因组剪切仪处理高浓度基因组DNA时,可提高功率至80%以快速剪切;在处理低浓度cfDNA时,则降低功率至30%以减少损耗。在单细胞测序中需要将DNA剪切至150-300bp,可通过短时间高功率处理实现。
综上,上海净信高通量声波基因组剪切仪,凭借其非接触式声波聚焦、等温处理、多维参数调控及动态反馈等技术优势,有效实现了长片段基因组的无损、均一且高效剪切。该设备可适配单细胞测序、全基因组测序及临床检测等多场景,可提升数据质量与实验效率,降低样本损耗与成本。